En la formación de la familia se siguen las normas básicas de la complementariedad. Llegado el momento, un hombre y una mujer deciden poner en marcha una unidad familiar en la que cada uno adopta unas funciones específicas que, en caso de necesidad, podían ser intercambiadas.

El matrimonio en el mundo inca no estaba dotado de un especial sentido religioso o ceremonial. Significaba el inicio (o la consolidación) de una vida en común. De hecho, no estaba especialmente valorada la virginidad antes del matrimonio. Ambos cónyuges podían haber cohabitado antes, y el matrimonio simplemente consolidaba algo que ya estaba en marcha. Tampoco había especial cuidado por no mantener relaciones sexuales con otros antes del matrimonio. No sucede como en el caso de los aztecas, en que el novio reprochaba a la novia y a sus padres el que aquella no hubiera llegado virgen al matrimonio. Aunque no todas las fuentes están de acuerdo en esta interpretación: tanto Guamán Poma como Murúa insisten en la importancia que los incas concedían a la virginidad.

El matrimonio se celebraba entre los dieciocho y los veinticinco años, entre las jóvenes que no habían sido escogidas por los funcionarios del Inca para servicio de los dioses o del gobernante. La unión matrimonial era resultado de un proceso, más que de una única ceremonia. La práctica del servinakuy, aún hoy extendida entre comunidades indígenas de los Andes, iniciaba un periodo de vida marital tras el cual los novios contraían matrimonio formal.

Quinta calle, mujeres jóvenes. Nueva coronica y buen gobierno, página 223

Si bien es cierto que con la llegada de los europeos al mundo andino se produjo una desestructuración en la organización familiar y social del Tahuantinsuyu, aún nos es posible saber al menos los rasgos generales de cómo funcionaban aquellas. No está claro cómo era exactamente la unidad doméstica, pero como señala María Rostworowski, lo general debía ser la unión de un hombre y una mujer. Si el varón quedaba viudo, pasaba algún tiempo antes de que las autoridades le entregaran otra esposa.

Tenemos multitud de documentos que hablan de cómo funcionarios del Inca al menos una vez al año recorrían los pueblos, juntando a hombres y muchachas para el matrimonio. Es posible que esta actuación no hiciese sino formalizar una unión que se había producido antes. En caso de ser así, la actuación del funcionario tendría como causa más bien la búsqueda de control y un perfecto conocimiento sobre los pueblos de su demarcación. En la definitiva elección de la pareja para constituir el núcleo familiar debían intervenir intereses de grupo. En general, los matrimonios se producían en el seno del ayllu, y la nueva pareja recibía una parcela de tierra de la comunidad. En algunas ocasiones la mujer abandonaba su ayllu para contraer matrimonio con un hombre de fuera. Estas eran las escasas ocasiones en que el habitante de los Andes abandonaba su célula de origen. Por lo general estaba prohibido el incesto, aunque como luego veremos, esta norma no regía para la elite gobernante.

Si se producía divorcio, los hijos se marchaban con el padre y las hijas lo hacían con la madre. El adulterio estaba prohibido, y se castigaba con penas duras, que incluían la condena a muerte. Así lo describe Martín de Murúa:

"Al indio casado que se juntaba con mujer ajena, o soltera, lo azotaban cruelmente y al varón le quitaban todo cuanto tenía y lo daban a la mujer soltera, para ella y para su casamiento. Desta manera no había ninguno que se osase desmandar, ni hacer fuerza en despoblado a ninguna mujer, aunque la topase sola y sin compañía. A la mujer casada que cometía adulterio, en probándosele, la sacaban al campo y la colgaban los pies arriba y la cabeza abajo, y se juntaban mucho número de indios, a pedradas la desmenuzaban y allí la dejaban, cubriéndola de espinas y cardones"